答：不一定，根据情况不同，申请上海居转户零个税不一定会被直接扣除。

如果社保也是按照最低缴纳，算作无效月，会往后顺延，且需要你提供这些年的银行工资流水，核查当时你的工资是不是真实较低，不能有偷税漏税的行为及嫌疑。

如果社保按照1倍基数及以上缴纳，需要到税务局申请个人补税。

如果是依法申报，有专项附加扣除导致零税的，没有影响。