同济大学研究生院是校长领导下具有相对独立职能的研究生教学和行政管理机构，下设研究生院综合处、研究生招生处、在职教育管理处、管理处、培养处、嘉定校区研究生工作办公室等。同时，学校党委还专门设立了研究生工作部。学校学位评定委员会日常管理机构学位办公室设在研究生院。按学科大类、学科特色，校学位评定委员会分设17个学位评定分委员会，以一级学科为单位设有45个学科专业委员会，以专业学位类型设有10个专业学位教育指导委员会，以工程硕士领域设有18个工程硕士领域教育指导委员会。各研究生培养单位设有研究生管理部门，配有学位秘书、教务员、班主任、研究生教学秘书等行政管理人员。研究生院曾多次被评为全国和上海市学位与研究生教育管理工作先进集体。