本人硕士研究生毕业，通过定向选调进入公务员队伍，目前未满5年服务期，想问一下，我可以申请非全日制博士吗？申请流程是什么？如何与用人单位及招录学校协调中间事项？

理论上不可以。各地政策不一样。有的还鼓励，有的只允许非全日制。你应该上当地公务员管理局咨询。和询问你的主管领导。