配偶是在读博士，户口属于学校的集体户口。这样的情况下一般是不解决其配偶户口以及孩子户口的。

如果你的配偶拥有上海户口，并且你们两地分居达到一定年限（也就是说你的户口在外地，目前的规定年限是3-5年），可以依据你的学历以及工作经历、你配偶的学历以及工作经历去申请你的上海户口。

就目前的情况，上海高校的博士毕业如果留在上海工作，按照打分，一般可以进入上海户口。但是如果你配偶户口仍然是单位集体户口（你们没有买房子，不能单独落户），孩子的上海户口（现在在外地已经有孩子，想把孩子落户上海的情况下；在上海本地生孩子能不能批可能要咨询相关部门）仍然很难批下来的。