公司证书前两天过期了，但是申请流程已经从区走到市里去了，不知道还会不会被退回来。

有可能，审批流程是有1初审的15天和之后的审核时期30天组成。

你的申请从区到市了，说明是过了初审到了审核阶段，审核阶段主要是对初审时的资料进行审核，既然初审过了，审核阶段过的可能性比较大，但这里不能百分百确定就能过，如果想尽快知道这个对结果是否有影响，还是打官方电话问一下吧

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您好，感谢被邀请。我不太清楚您上海那边的人才引进流程，因为就广州来说，根据办理人的自身情况不同，办理户口的渠道方式，以及申报入户的机构都会有些许不同。就我这边办理的客户来说，有的是开始时就需要审核原件，那么原件在开始时还处于有效期，并且在后续的审批中无需补充资料复核资料的情况下，那一般就不会被退回。但是若有些是到后续才审核原件，那你的证件过期了，会影响审核，但是否会同意批复，这个就业具体咨询上海那边的机构了。希望可以帮到您~