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复旦大学在职博士毕业时颁发的证书是博士研究生的毕业证书和博士学位证书。

以上就是我们的老师为这位同学所提问题进行的回答，那么我们大家只要报读了我们学校的在职博士，经过长时间的努力，并持之以恒的坚持，就可以在毕业的时候获得我们学校所办法的毕业证书和学位证书。