上海公司不能以公司的名义在杭州给您缴纳社保和住房公积金。如果是公司缴纳，只能在公司所在地办理。

如果非要在杭州缴纳的话，那恐怕只能以您个人的名义在杭州缴纳，公司给您报销缴纳的保险及公积金的费用了。不过这样不合适。

建议您还是在上海公司缴纳，如果有一天回到杭州工作可以把保险和公积金转到杭州的。

希望我的回答对您能有所帮助。